一些患者在手术切除具有炎症的前列腺后，例如经尿道电切前列腺切除术后，前列腺周围仍然有含有大量感染灶和结石。
由于病原体可能仍然在前列腺区域存在或由于手术导致扩散，使手术切除前列腺后也不能完全消除患者的症状，患者仍然可有尿频、尿急、尿痛、夜尿、会阴部不适或疼痛，甚至出现畏寒、发热等慢性前列腺炎或急性前列腺炎样的症状，所以手术治疗有时也很难达到完全彻底治愈的目的。显然，手术适应证的选择就要更加慎重。
外科手术治疗方法包括对前列腺脓肿的引流、切除膀胱颈部、前列腺完全或部分切除、前列腺精囊全切除术、前列腺及其结石的摘除、精囊切除术、经尿道逆行气球扩张术等。
对于包皮过长或包茎患者，可以在前列腺炎治愈后施行包皮环切术，以减少包皮龟头内存在的大量微生物对前列腺的可能感染机会。有学者认为包皮环切术应该在治疗前列腺炎之前进行，并已经在实践中获得了良好的效果。
慢性前列腺炎一般为局灶性或节段部分性，前列腺液检查不能充分反映前列腺炎的严重程度，因而不能作为手术依据。对于有精神症状的慢性前列腺炎患者，更应视为手术禁忌证。
