分段射精法在治疗男性不育方面有很大的临床意义。如果患者精子计数和活动率偏低，或者同时伴有精液过于粘稠、精液量过多，可以在妇女排卵期性交时采用分段射精方法。当第一段精液射出后，立即将阴茎从阴道内抽出，使其余的精液射在外面，这样可以避免精囊腺分泌液稀释精液，从而保证高密度、高质量、高活力的精子留在阴道内，提高受孕的能力。在“人工授精”和“试管婴儿”的实践中，分段射精也成为一个常规的步骤。将第一段精液处理后，筛选出高活力精子，送进子宫或者用于体外受精。
在临床生化检验时，也可根据射出的精液先后次序分别收集4-6部分，第一部分主要来自前列腺液，酸性磷酸酶活力最高;最后为精囊腺液，含前列腺素和果糖最高。通过测定这些特殊的酶或物质就可以了解附性腺的功能。这种检查方法还可以用来研究射精时的生理活动。有的人由于神经性问题，射精过程发生紊乱，精子不是主要与前列腺液一起射出，而是与精囊腺液一起射出，精子活动低于正常。这也可能是不育的一个原因。
